Секвенування нового покоління

Тести AVENIO включають три нових набори, в яких СНП - секвенування нового покоління (NGS - Next Generation Sequencing), розроблені для рідкої біопсії та дослідження пухлин, зафіксованих у формаліні та залитих парафіном - ТЗФЗП (тканини, зафіксовані у формаліні та залиті парафіном). Нові набори AVENIO для солідних пухлин, зафіксованих у формаліні та залитих парафіном, разом з наборами AVENIO для аналізу ДНК забезпечують надзвичайно нестійкий розчин, призначений для геномного профілювання, часового моніторингу та аналізу сумісності мутацій у солідних тканинах та плазмі.

Переваги та характеристики онкологічних тестів AVENIO:

• Здатність досліджувати тканину та плазму збільшує діапазон застосування у дослідженнях.

• 100% мапування генних панелей для дослідження зафіксованих у формаліні та залитих парафіном пухлин та вцДНК (такий самий перелік генів та ділянок з ідентичним протоколом) дозволяє виконати дослідження сумісності між зразками.

• Досліджуйте та отримуйте звіти для усіх чотирьох класів мутацій (єдиний нуклеотидний поліморфізм - ЄНП, вставка та делеція, злиття генів та змінюваність кількості копій) в одному аналізі з використанням ДНК, для якого властиві виключна чутливість та специфічність.

• Революційне рішення з використанням реактивів, інтуїтивний аналіз та просте звітування результатів полегшать проведення високоефективних онкологічних тестів з використанням методу СНП у будь-якій лабораторії.

Підготовка бібліотек для NGS - це перший ключовий крок у роботі зі застосуванням методів секвенування нового покоління (NGS - Next Generation Sequencing). Зразки ДНК та РНК спочатку проходять фрагментування (механічним та ферментним шляхом), після чого додають адаптери, специфічні до платформи для секвенування. У більшості випадків, виконують ампліфікацію бібліотек перед наступним етапом роботи (секвенування або цільове секвенування).

На кожному етапі можливі помилки, які можуть значно вплинути на якість бібліотеки, та внаслідок цього - на надійність отриманих результатів секвенування. Тому вкрай важливо використовувати високоякісні реактиви разом з оптимізованим протоколом для отримання безпомилкових бібліотек для NGS з високим та рівномірним покриттям.

Розчини для секвенування компанії Roche Sequencing Solutions включають широкий спектр наборів для приготування бібліотек для NGS високої якості. Завдяки використанню спрямованих еволюційних технологій, наші набори містять ферменти високої специфічності, які постачаються у зручних та легких у використанні мастер-міксів.

Секвенування нового покоління, здатність прочитувати водночас сотні мільйонів молекул ДНК дозволить збільшити вихід та значно знизити вартість1. Але, необхідно пам’ятати, що вартість секвенування цілого геному залишається високою, а сам метод не забезпечує чутливості або достатнього покриття досліджуваних послідовностей, що необхідно для розшифрування ролі окремих генів у комплексних захворюваннях, або щоб забезпечити дослідження рідких алелей з низькою частотою. Більш економний спосіб дозволяє фокусуватись на специфічних ділянках шляхом застосування цільової стратегії секвенування. Цільове секвенування дозволить вам ефективніше використовувати ресурси, що знизить вартість та спростить подальше проведення аналізів2.

Тому, комплексний підхід до приготування зразку, особливо у таких методах, як цільове секвенування, який включає усі етапи, необхідні для отримання збагачених та селективних бібліотек для NGS, грає фундаментальну роль. Тому, ми пропонуємо набори для підготовки бібліотек, які включають етапи від забору зразків до якісної та кількісної оцінки готової бібліотеки.

Ми забезпечуємо доведені, всеосяжні та прості рішення. Компанія Roche Sequencing Solutions пропонує універсальні інструменти для цільового секвенування, такі як протокол HyperCap: високоспецифічні зонди для оптимізації використання ресурсів секвенаторів. Вони дозволяють фокусуватись на вибраних ділянках, незалежно від цільового застосування, наприклад, у генетиці спадкових хвороб або у дослідженнях онкологічних захворювань.

Транспортування та приготування зразків - важливий етап підготовки до аналізу. Проведені дослідження впливу преаналітичних факторів, таких як збір та зберігання зразків, підтвердили їх ключову важливість у визначенні практичної користі отриманих результатів та їх подальшого застосування3,4,5. Для отримання найбільш значущої клінічної інформації необхідно мінімізувати втрату зразків, забезпечити транспортування та методи забору зразків, які забезпечать відновлення та збереження цілісності зразків.

Розчини для приготування зразків Roche Sequencing Solutions включають необхідні інструменти від пробірок для забору крові до прогресивних систем для дисекції тканин, які забезпечують ефективний та точний аналіз зразків пухлин, тобто тканин, зафіксованих у формаліні та залитих парафіном (ТЗФЗП), або позаклітинних вільних циркулюючих ДНК (вцДНК).

Referencje:

1. Can Dijk et al. Trends in Genetics, 2014. Ten years of next generation sequencing technology.

2. Kozarewa et al. Curr Protoc Mol Biol., 2015. Overview of target enrichment strategies.

3. Magnette et al. 2016. Pre-analytical issues in the haemostasis laboratory: guidance for the clinical laboratories. Throm J.

4. Messaoudi et al. 2013. Circulating cell free DNA: preanalytical considerations. Clinica Chimica Acta.

5. Melentacchi et al. 2015. Influence of storage conditions and extraction methods on the quantity and quality of circulating cell-free DNA (ccfDNA): the SPIDIA-DNAplas External Quality Assessment experience. Clin Chem Lab Med.